Blog de Norore

Bioinformaticienne passionnée de biologie, de programmation, de libre et de jeux-vidéo

Parser un fichier XML avec espaces nommés à coup de Python

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Pile de troncs d'arbres en forêt

Récemment un ami a solicité mon aide dans le cadre d'un de ses projets personnels. Manquant de compétences et de temps pour les acquérir, il m'a alors demandé si je pouvais développer un script pour convertir un fichier au format XML vers le format JSON. Sur le papier, c'est très simple et facile à faire. Dans la pratique, il s'est avéré que le découpage simple du XML n'était pas possible car des espaces nommés étaient présents dans chaque balise. J'ai donc dû trouver comment faire, aussi je viens vers vous pour vous expliquer comment le refaire.

Je vous ai perdu dans cette courte introduction ? Pas de panique, on va y aller en douceur. :-)

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Quel serait mon emploi de rêve ?

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Alors que je me prépare à bientôt quitter mon travail actuel, officiellement le 3 Juillet, et au moment où je commence à éplucher les offres dans mon domaine, se pose la question fatidique suivante : mais en fait, c'est quoi qui me fait envie/rêver pour un futur emploi ? Alors oui, j'aime la biologie, ce qui m'attire et me motive le plus c'est la génétique et essayer de comprendre comment certaines maladies peuvent survenir, le tout en m'aidant de l'outil informatique en développant des outils et des pipelines. Mais est-ce suffisant ? Qu'est-ce qui m'a vraiment attirée dans ce domaine, en dehors de l'aspect biologie ET informatique ? Qu'est-ce que je voudrai vraiment faire à l'avenir ?

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PluXML, Nginx et PHP 7 sont dans un bateau

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Un bateau de pêche dans un port

Et j'ai bien galéré pour tout refaire fonctionner !

Alors oui, c'est amusant d'être son propre administrateur système. C'est également très formateur. Mais quand vous êtes seul et sans formation, ben, vous galérez bien comme il faut pour comprendre ce qui ne va pas :) ! Mais l'essentiel c'est que j'ai réussi à refaire tourner le blog, en l'ayant placé dans un sous-domaine, tout en en profitant pour passer à PHP 7, puisque de toute façon PHP 5 ne sera plus maintenu à partir du 31 Décembre 2016.

Comme je me dis que je ne serai peut-être pas la seule, parmi les francophones, à me casser les dents, je vous propose de trouver ici ma solution.

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Installer Krita sous Linux Mint

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Aperçu de l'interface du logiciel libre Krita

Krita est un logiciel libre de dessin numérique reposant principalement sur l'interface graphique de KDE. Si vous utilisez déjà l'environnement de bureau KDE, félicitations, cet article ne vous sera d'aucune utilité ! En revanche si vous utilisez un autre environnement de bureau, et c'est mon cas sous Linux Mint Cinnamon 17.3, il est possible que vous ayez quelques difficultés telles que :

  1. le logiciel se lance avec une erreur et est donc inutilisable en l'état
  2. l'interface du logiciel a l'air toute vide, il vous manque les icônes et donc vous galérez pour savoir ce qu'il faut faire, la loose...
  3. l'interface du logiciel est affichée en anglais, rien de plus simple quand on n'est absolument pas bilingue ! Ou un peu mais pas suffisamment.

Bon, j'avoue, je me moque de moi dans ce chapô. J'ai rencontré ces trois difficultés, que j'ai pu corriger en me remontant les manches. Je vous propose donc, dans un souci de contribution au logiciel libre (coucou Genma), de retrouver ici les étapes que j'ai suivi pour installer et enfin pouvoir utiliser Krita.

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Et si je me remontai les manches ?

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Depuis plusieurs semaines (mois ?), je me dis, et je le dis régulièrement autour de moi, qu'il faut que je fasse un coup de nettoyage sur mon serveur et que je réorganise le tout. Facile ? Il suffit de déplacer les fichiers et répertoires ? Ahah, oui... Sauf si vous administrez vous-même votre serveur, ce qui est mon cas. Parce que, oui, en bonne geek qui se respecte, je paie chaque mois un serveur que je loue à un hébergeur, mais sur lequel j'ai tous les droits. À peu de choses près.

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Et la communication, c'est pour bientôt ?

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Vieux téléphone

" Ah tu tombes bien, je viens tout juste de finir le script. Voilà tes données.
- Super ! Merci, je regarde ça... Euh, c'est normal qu'il manque plein de trucs ?
- Comment ça ? J'ai tout vérifié, j'ai le bon nombre de lignes et le nombre de colonnes attendus par rapport au fichier d'entrée.
- Fais voir ? Ah mais c'est pas la dernière version ! Il a au moins deux mois ton fichier, on l'a mis à jour la semaine dernière !"
*hurlement de rage intérieur*

Cette discussion, fictive, entre collègues vous parle ? C'est que, vous aussi, vous souffrez d'un mal méconnu dans le travail d'équipe : l'absence de communication entre coéquipiers ! Je ne sais pas pour vous, mais pour ma part ça a le don de m'énerver de voir que je fais des efforts difficiles pour communiquer quand je suis bloquée, et que, en face, on ne me prévient pas d'une simple mise à jour de fichier. Ça ne mange pourtant pas de pain et ça évite les rage quit.

Essayons de voir comment remédier à ce mal qui peut toucher bon nombre d'équipes !

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Bio-quoi ?

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Bioinformatique

"La bioinformatique ? Jamais entendu parler. C'est nouveau ?" Si j'avais reçu un euro à chaque fois que j'ai entendu ça, j'aurais vraisemblablement pu monter mon propre cluster de calculs.

Mais d'abord c'est quoi, concrètement, la bioinformatique ? Que l'on soit technicien de surface ou biologiste, on a tous eu la même réaction. Je vais essayer dans ce billet de vous expliquer ce que c'est, à quoi ça sert, dans quels secteurs ou domaines on en fait, quel (s) diplôme(s) faut-il et où se former. Bref tout un programme. Prêt ? Alors, bonne lecture !

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De l'intérêt d'une bonne documentation

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Documentation

Comme de nombreux développeurs j'ai un talon d'Achille : la documentation. Je déteste rédiger une documentation, je ne sais d'ailleurs jamais par quel bout la prendre et je n'en suis jamais satisfaite. Cependant, force m'est de constater que, sans documentation sur laquelle s'appuyer si besoin, il s'avère difficile de savoir ce que l'on a sous les yeux. Voici les points qui me semblent importants pour disposer d'une bonne documentation.

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Ma première Ubuntu Party Paris : édition 16.04

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Logo Ubuntu

Ce week-end du 28 et 29 Mai, j'ai participé à l'Ubuntu Party de Paris en tant que bénévole. Alors non, je n'utilise plus Ubuntu moi-même, je suis maintenant sous Linux Mint avec l'environnement de bureau Cinnamon, mais j'ai, comme beaucoup de personnes habituées à Windows, commencé par utiliser Ubuntu.

Ce n'était pas ma première Ubuntu Party, j'ai pu faire mes premières armes sur Bordeaux avec le collectif Giroll lorsque j'y vivais encore. Mais c'était ma première participation sur un tel site et avec une telle organisation.

Je vais donc en profiter, à travers ce billet, pour vous donner mon retour et mes impressions. Prêts ? Lisez !

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Je me lance !

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La navette spatiale Atlantis, par skeeze, sous licence CC0 sur Pixabay

Cela faisait un moment déjà que je me tâtais à me créer un blog, ne serait-ce pour garder une trace de ce que je sais faire. J'ai longtemps hésité pour plusieurs raisons :

  1. qu'est-ce que j'aurais à dire de si intéressant ? Beaucoup de blogs existent déjà sur plein de sujets différents, qu'est-ce que je pourrai apporter de plus ou de différent ?
  2. sur quel(s) sujet(s) ? Je m'intéresse à beaucoup de choses à la fois, est-ce que je ne risque pas de m'éparpiller dans tous les sens, comme je le fais déjà dans ma vie quotidienne ?
  3. qu'es-ce que ça pourrait me rapporter ? Je n'ai aucune expérience dans la communication ou très peu, est-ce vraiment une bonne idée de me lancer dans cette aventure sans savoir où je vais ni ce que je vais y dire ?

Je pense maintenant avoir suffisamment de maturité personnelle, professionnelle et sociale pour me lancer seule dans cette aventure. Et puis, je ne suis maintenant plus seule, je sais que je peux compter sur des amis qui tiennent également un blog qui pourront m'apporter des conseils et des suggestions avisées si j'en ressent le besoin, et même si je n'ai pas l'impression de mal m'y prendre !

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